Parametryzacja polaryzowalnego pola siłowego AMOEBA dla estradiolu i cyklodekstryn
Fizyka Medyczna - Farmacja Fizyczna 2022
Cykolodekstryny to cykliczne oligosacharydy wykorzystywane zarówno jako nośniki leków jak i czynniki usuwające toksyny np. Substancje Endokrynnie Czynne (ang. Endocrine Disrupting Chemicals, EDCs). Współcześnie badania eksperymentalne w tej tematyce wspierane są przez modelowanie molekularne. Obecnie jedną z najbardziej rozwijanych metod służących do obliczeń energii układów chemicznych jest metoda Free Energy Perturbation (FEP). Metoda ta wykorzystuje teorię pola siłowego. Znane są dwa rodzaje pól siłowych: klasyczne oraz polaryzowalne. Dla klasycznych pól siłowych dostępne są bogate bazy parametrów, stąd w tym przypadku parametryzacja parametrów pola siłowego nie jest wymagana. Jednak wydaje się, że zastosowanie polaryzowalnego pola siłowego dostarcza dokładniejszych wyników, w porównaniu do eksperymentu. Dla takich pól siłowych bazy danych nie są bogate, więc parametryzacja jest wymagana dla każdego nowego systemu. Celem prezentowanej pracy była parametryzacja polaryzowalnego pola siłowego AMOEBA dla przykładowego EDC: 17-β-estradiolu oraz podstawowej jednostki cyklodekstryny: α-D-glucopiranozydu. Obliczenia dot. pola siłowego AMOEBA zostały wykonane z wykorzystaniem Tinker oraz Tinker-HP software. Porównanie uzyskanych wyników z obliczeniami opartymi na chemii kwantowej oraz z danymi dostępnymi dla klasycznego pola siłowego (CHARMM) wskazują, że próba parametryzacji zakończyła się sukcesem.
Badania zostały przeprowadzone w École Polytechnique de Paris w ramach podwójnego interdyscyplinarnego doktoratu doctorat en cotutelle. Ich realizacja była możliwa dzięki Stypendium Rządu Francuskiego.
Anna Mazurek
Info
20-05-2022 15:15
Duration
15 minutes
Location